Нужно ли в сзв стаж указывать ежегодный оплачиваемый отпуск?

Да, указывать эти данные нужно, но в разные графы сдаваемой отчетности. Так начало отпуска отражают в 6 графе, окончание отпуска в 7 графе. Сам отпуск отражают в 11 графе специальным сокращением. Не нужно путать сокращение с другими вариантами отпусков.